Большая часть денег, выделенных на выплаты военнослужащим, направлялась Минобороны России под руководством экс-министра Анатолия Сердюкова на дополнительные выплаты руководителям ведомства. К такому выводу пришли аудиторы Счетной палаты, проверяя работу новой системы денежного довольствия военнослужащих.

«Проверка показала, что основные объемы средств, предусмотренных на стимулирование военной службы, прежним руководством Минобороны России направлялись на дополнительные выплаты руководителям органов центрального аппарата Минобороны России, удельный вес которых в их совокупном доходе за 2012 год составлял до 81,2%, при том, что доля дополнительных выплат военнослужащим воинских частей в сумме денежного довольствия за 2012 год составляла 2,3%», - говорится в отчете. При этом введенная с 1 января 2012 года новая система денежного довольствия военнослужащих позволяла увеличить его размер в среднем в 2,5 - 3 раза.

В 2011 году был создан Единый расчетный центр для управления выделенными средствами, на первом этапе работы которого военнослужащие жаловались на переплаты, недоплаты и задержки выплат, следует из материалов Счетной палаты. В настоящий момент переплаты и недоплаты – единичные случаи и носят технический характер, заключают аудиторы.

Коллегия решила направить представление в Минобороны России, информационное письмо Президенту России, а также отчеты о результатах контрольного мероприятия в палаты Федерального Собрания.

В ноябре 2012 года Анатолий Сердюков был отправлен в отставку с поста министра обороны в связи с коррупционными скандалами «Оборонсервисе», распоряжающимся имуществом Минобороны. Были возбуждены уголовные дела, фигурантами которых стали подчиненные Сердюкова. Новым министром обороны президент России Владимир Путин назначил бывшего главу МЧС Сергея Шойгу.