В данный момент ведомство рассматривает Ходорковского в качестве подозреваемого по уголовному делу об убийстве мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, который был убит в июне 1998 года по дороге на работу.

Возглавляемая Ходорковским нефтяная компания "ЮКОС" в тот период был градообразующим предприятием. В МВД считают, что у мэра возник конфликт с нефтяной компанией по причине неуплаты налогов в местный бюджет. Мэр потребовал возбудить против "ЮКОСа" уголовное дело. Организатором преступления назвали главу службы безопасности компании "ЮКОС" Алексея Пичугина.

Следователи заявили, что ими были получены доказательства, подтверждающие причастность к этому преступлению Ходорковского, без команды которого в "ЮКОСе" не принималось ни одно важное решение.